Istotnym elementem permakultury jest odpowiednie rozmieszczenie i organizacja miejsc w zależności od stopnia ich wykorzystywania przez człowieka. Nazywane jest to strefami i tak na przykład:

• Do strefy 0należy główna część domostwa, w której nacisk kładzie się na jak najmniejsze zużycie wody i energii elektrycznej, wykorzystuje się energię ze źródeł takich jak słońce i wiatr,
• Strefa 1znajduje się najbliżej domu, to miejsce dla elementów systemu, które wymagają częstego nadzoru jak np. Uprawa warzyw sałatkowych, ziół, delikatnych owoców,
• W strefie 2rosną rośliny wieloletnie, wymagające mniej opieki, tylko odchwaszczania czy przycinania, i można tu też umieścić ule i większy kompostownik,
• Strefa 3to obszar głównych upraw, zarówno dla użytku domowego, jak i na sprzedaż,
• Strefa 4 służy głównie do uprawy roślin pastewnych, zbierania drewna leśnego oraz produkcji drewna na cele budowlane,
• Strefa 5to rejon dziki, nienaruszony przez człowieka.